鑒別天然水晶的真假，要結合具體情況具體分析，如水晶飾品、工藝品、水晶眼鏡、水晶古董。這裡既有鑒定水晶是否原生天然，也有鑒定是否為優化處理品。鑒定之前，要先瞭解天然水晶的形成條件和一般形態。
天然水晶的生長環境，多是在地底下、巖洞中。由於在地底、巖洞中的生長空間多狹窄，尤其在遇到地震時，或地殼變動時，甚至容易遭到其他礦石的擠壓，常常會壓迫產生不同的「晶面」。還有，當水晶還是在液態狀的時候，常常也會包覆著其他的礦石、泥灰一起結晶成長，如金紅石(稍後變成發晶)、火山泥灰(稍後變成幻影水晶)等等。
因此，凡是天然水晶都會存在或多或少的瑕疵，主要有以下幾點：
上圖中所標示的就是冰裂紋
一，冰裂紋：這是對於通透形的水晶來說的，就是其內部視覺上像是有裂痕，有花花的感覺；天然水晶的結晶過程是不會產生冰裂紋的，據推測，應該是水晶在成長的過程中，可能是遇到地震或是地層的擠壓而產生在其內部的一些“痕跡”而已，並不是裂痕。比如粉晶、紫水晶、白水晶球、柱等都很常見。
上圖是兔毛水晶，中間的雲務狀東西，就是所謂的"棉及雲霧"
二，棉或雲霧：這也是對於通透形的水晶來說的，就是其內部本來是應該通透的但看上去卻不通透，有霧濛濛的感覺或是感覺裏面象有棉絮狀物質一樣，最常見的就是在鈦晶、金髮晶裏面最多了，通常佩戴一段時間後會逐步散開而越來越通透。
三，還有一個常見問題是很多朋友對手鏈各珠子尺寸大小存在差異很不理解，一般情況是很正常的現象，一方面因為天然水晶在加工過程中因受材料的限制就會造成差異產生了，尤其越稀有的材料越常見；另一方面極少數也可能是由於加工工藝所造成，無論哪種情況，僅是美觀的問題而不影響其作用。
四，礦缺：主要指水晶表面感覺像坑窪的地方，是水晶在成長過程中自然形成的而並非是人為造成的損傷。綠幽靈、鈦晶、金髮晶上都比較常見。見上圖。
五，需要說明的是，近乎完美的與有較明顯瑕疵的天然水晶的價值可能差距巨大，越稀有的水晶差距越大。
